m6A修饰在骨肉瘤中分子机制的研究进展
凌志安1, 梁玉婷1, 韦素萍1, 王禹2, 赵劲民2     
1. 广西医科大学第二附属医院, 广西南宁 530007;
2. 广西医科大学, 广西南宁 530021
摘要: N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物mRNA中最丰富的表观遗传修饰之一,在多种疾病尤其是肿瘤中发挥重要作用。m6A修饰受到甲基转移酶、去甲基化酶和RNA结合蛋白的动态调控。骨肉瘤是一种好发于儿童和青少年的恶性骨肿瘤之一,近年来骨肉瘤发生率呈上升趋势,m6A修饰的调控表达与骨肉瘤的发生发展及预后相关。本文就m6A修饰在骨肉瘤发生发展、化疗耐药、靶向治疗、预后转归的分子机制方面的研究进行综述,旨在为骨肉瘤的早期诊断和靶向治疗提供新思路。
关键词: m6A    RNA甲基化    骨肉瘤    进展及预后    分子机制    
Research Progress on the Molecular Mechanism of m6A Modification in Osteosarcoma
LING Zhi'an1, LIANG Yuting1, WEI Suping1, WANG Yu2, ZHAO Jinmin2     
1. The Second Affiliated Hospital of Guangxi Medical University, Nanning, Guangxi, 530007, China;
2. Guangxi Medical University, Nanning, Guangxi, 530021, China
Abstract: N6-methyladenosine (m6A) is one of the most abundant epigenetic modifications in eukaryotic mRNA and plays an important role in many diseases, especially tumors. Modification of m6A is dynamically regulated by methyltransferases, demethylases, and RNA-binding proteins. Osteosarcoma is one of the malignant bone tumors that are prone to occur in children and adolescents. In recent years, the incidence of osteosarcoma has increased. The regulated expression of m6A is related to the occurrence, development and prognosis of osteosarcoma. The research progress of the molecular mechanism of m6A modification in the occurrence and development of osteosarcoma, chemo-resistance, targeted therapy and prognosis are reviewed in this article to provide new ideas for the early diagnosis and targeted therapy of osteosarcoma.
Key words: m6A    RNA methylation    osteosarcoma    progression and prognosis    molecular mechanism    

骨肉瘤(Osteosarcoma,OS)是骨骼系统中最常见的原发性恶性肿瘤之一,起源于间叶组织,好发于儿童和青少年,具有高侵袭性与转移性且进展迅速,早期易发生肺转移,严重危害患者的生命健康[1, 2]。N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物中编码和非编码RNA中最广泛的RNA修饰形式之一。现有研究表明,m6A相关因子在骨肉瘤进程中发生了失调,且与骨肉瘤发生发展密切相关[3]。本文强调了m6A修饰在骨肉瘤发生发展与预后转归中的关系,阐述了其细胞生物学功能和分子机制,以及未来在骨肉瘤中的研究趋势和潜在的临床应用,为临床提供新的检测指标和治疗靶点。

1 m6A修饰

N6-甲基腺苷(m6A)是发生在腺苷N6位点的甲基化修饰,是真核生物mRNA中最普遍的内部修饰。m6A修饰是指在腺嘌呤核苷酸的第6位氮原子上添加或删除甲基,是mRNA分子中最丰富的表观遗传修饰之一[4]。有研究发现,m6A修饰是一种具有动态和可逆特征的表观遗传学改变[5],可以通过多种调节蛋白来调节RNA的剪接、核输出、定位、翻译、降解和稳定性。一些研究报道了m6A修饰在人类不同肿瘤发生发展中的作用以及与细胞分化、胚胎发育、疾病发生有关的细胞生物学功能[6, 7]。Zhang等[8]研究发现,与正常组织/成骨细胞相比,在骨肉瘤组织/细胞中DLGAP1-AS2和m6A甲基化水平上调,通过进一步构建风险评分预后模型,预测DLGAP1-AS2可能成为OS的预后靶向基因。

2 m6A甲基化蛋白酶

m6A修饰主要与3种类型的蛋白酶相关,即为多酶复合体,主要包括甲基化转移酶(称为“编码器”)、去甲基化转移酶(称为“消码器”)和甲基识别蛋白(称为“读码器”)[6],三者之间存在复杂的生物学功能[9]

第一类是m6A甲基化转移酶,其编码基因称为“Writers”,包括METTL3METTL14WTAPRBM15BKIAA1429ZC3H13METTL16METTL14METTL3形成的稳定复合物促使m6A甲基化基团编辑入RNA中[10],在底物识别中起主要作用[11-13]。每种蛋白其生物学功能各不相同,METTL3的结构域具有催化活性,METTL14与METTL3形成异源二聚体,协同增强甲基转移酶活性[13]。WTAP被认为是一种衔接蛋白,主要功能是和METTL3-METTL14复合物相互结合,起稳定METTL3-METTL14复合物的作用[11]。RBM15B主要功能是与尿嘧啶富集区域结合,促进某些RNAs的甲基化[14]。ZC3H13主要在锚定WTAP中起着关键作用,通过将WTAP连接到mRNA结合因子Nito来增强m6A活性[15, 16]。ZC3H13参与了不同类型肿瘤的发生发展过程。据报道,ZC3H13在肾透明细胞癌组织中的表达显著下调[17],相反,与邻近黏膜相比,ZC3H13在结肠腺癌肿瘤组织中的表达显著上调[18]。此外,METTL16是最近发现的一个甲基化转移酶,能催化U6-snRNA中的m6A修饰,并参与rRNA的剪接[19]。KIAA1429是m6A甲基化酶复合物中重要的一部分,但其分子功能仍难以捉摸[20]。总之,每一个m6A甲基化转移酶对于m6A修饰是必需的,m6A甲基化转移酶和m6A去甲基化转移酶之间的相互作用决定了m6A修饰的动态和可逆调节。

第二类是m6A去甲基化转移酶,其编码基因称为“Erasers”,目前报道的有FTOALKBH5[21]。这类去甲基化转移酶可去除RNA中的m6A甲基化基团,从而影响肿瘤生物学过程。越来越多的研究表明,FTO和ALKBH5的功能障碍可能导致癌症发生[22-25]。FTO在乳腺癌中表达上调,可促进乳腺癌细胞增殖,同时FTO在肝细胞癌(HCC)组织中的表达也上调,这与患者预后不良有关[26]

第三类是甲基识别蛋白,其与m6A甲基化位点结合并读取信息,进而发挥作用,其编码基因称为“Readers”,到目前为止发现的包括YTHDF1YTHDF2YTHDF3YTHDC1YTHDC2YTH家族,还有HNRNPCHNRNPGHNRNPA2B1IGF2BP[27],这些基因在维持m6A的mRNA的稳定性、代谢以及翻译等过程中发挥重要作用[28]。随着蛋白质研究的不断深入,甲基识别蛋白逐渐被发现,其功能与分子机制也在进一步完善。

3 m6A修饰在骨肉瘤中的分子作用机制 3.1 m6A修饰在骨肉瘤发生发展中的作用

OS的发病是一个多因素的复杂过程,涉及广泛的分子异常和肿瘤异质性[29]。据报道,m6A是真核细胞中含量最丰富的RNA内部修饰,m6A修饰主要通过调节相关致癌基因或抑癌基因的mRNA水平来促进或抑制肿瘤细胞增殖、侵袭及迁移等,并且异常的m6A修饰可通过多个分子机制在肿瘤发生中起重要作用[30]

目前,许多研究证实了m6A修饰调控因子对OS细胞生物学功能的影响。Yuan等[31]的研究发现,与正常成骨细胞/组织相比,骨肉瘤细胞/组织中去甲基化酶ALKBH5水平的下调与m6A甲基化水平升高有关,ALKBH5过表达可显著抑制骨肉瘤细胞的生长、迁移、侵袭和触发细胞凋亡;而沉默ALKBH5可促进骨肉瘤细胞生长、迁移和侵袭,该研究预示ALKBH5过表达可能是替代骨肉瘤治疗的一种新方法。Chen等[32]与Huang等[33]的研究也得出类似的结论,ALKBH5通过介导PVT1的m6A修饰,抑制阅读器蛋白YTHDF2在PVT1中的结合; ALKBH5介导的PVT1上调促进了体外OS细胞增殖和体内肿瘤生长; ALKBH5的过表达显著抑制了OS细胞的生长、迁移和侵袭等细胞生物学效应。Shi等[34]利用circRNA芯片检测骨肉瘤中circRNA表达的改变,结果发现骨肉瘤组织中circNRIP1的表达水平升高,通过下调circNRIP1表达水平可抑制骨肉瘤细胞的增殖和迁移,促进细胞的凋亡。Ling等[35]的研究表明,在OS细胞中敲除METTL3基因,导致m6A和DRG1 mRNA水平下降,沉默DRG1可降低OS细胞的活力,抑制细胞的迁移和集落形成能力,导致细胞周期阻滞在G2/M期,诱导细胞凋亡。由上述可知,DRG1在OS中具有致瘤作用,其中METTL3以m6A依赖的方式诱导DRG1在OS中的表达上调。Wang等[36]在转移性骨肉瘤的研究中发现,METTL3与TRAF6呈正相关关系,METTL3下调会导致OS细胞中TRAF6的表达下降;METTL3在OS中高表达,通过m6A修饰增强TRAF6的表达水平,从而促进OS细胞的转移。Zhou等[37]的研究表明,METTL3通过m6A修饰提高了DANCR mRNA的稳定性,促进了OS的治疗进展,说明METTL3可能是OS治疗肿瘤的新靶点。Zhou等[38]通过沉默METTL3可使OS细胞增殖、迁移以及侵袭力下降,利用细胞学功能实验证实了METTL3通过调节ATAD2在骨肉瘤生长和侵袭过程中发挥致癌基因的作用。Miao等[39]研究表明,m6A甲基转移酶METTL3通过调控LEF1的m6A水平和激活Wnt/b-连环蛋白信号通路,从而促进骨肉瘤细胞的进展。可见,通过不同的RNA m6A甲基化转移酶激活不同的上游基因、调控不同的下游靶基因,可影响骨肉瘤的发生发展进程,预示m6A修饰已成为OS发生发展过程中的一个不可或缺的因素。

3.2 m6A修饰在骨肉瘤化疗耐药中的作用

骨肉瘤目前的标准治疗包括术前化疗、术中病灶切除、术后化疗,化学药物治疗有着不可替代的作用,但如今化疗耐药是临床上骨肉瘤治疗的一大瓶颈,因此,研究骨肉瘤化疗耐药的机制对骨肉瘤的治疗有重要的意义。近期研究发现,骨肉瘤组织中TRIM7 m6A修饰缺失,METTL3和YTHDF2是参与TRIM7 m6A异常修饰的主要因素[40],具有较高TRIM7水平的PDX小鼠和骨肉瘤细胞中易观察到化疗耐药性,此研究预示m6A在化疗耐药中发挥重要作用,有望成为肿瘤耐药治疗的新靶点。临床上常用的化疗药物阿霉素(DXR),主要是通过诱导骨肉瘤干细胞激活Wnt/B-catenin信号通路来发挥作用[41]。Zhang等[42]研究发现,lncRNA FOXC2-AS1 m6A修饰及其反义转录本FOXC2在具有阿霉素耐药性的骨肉瘤细胞和组织中均升高,同时FOXC2通过诱导耐药相关的ABCB1基因来促进化疗耐药。以上研究结果表明,m6A与骨肉瘤的耐药机制相关,可能通过提高或降低靶基因的m6A水平影响基因的表达及激活相关信号通路,从而影响肿瘤耐药性,为降低临床骨肉瘤化疗耐药提供理论依据。

3.3 m6A修饰在骨肉瘤靶向治疗中的作用

m6A去甲基化酶主要包括FTO和ALKBH5。FTO和ALKBH5可通过影响底物m6A修饰水平激活多种信号通路以促进骨肉瘤进展,因此m6A相关蛋白的特异性抑制剂在骨肉瘤治疗中发挥重要作用。Huang等[43]的研究团队开发出两种FTO抑制剂(FB23、FB23-2),该抑制剂能选择性地抑制人急性髓系白血病(AML)细胞中FTO的去甲基化功能,上调AML关键基因mRNA上的m6A修饰,并通过增加抑癌蛋白的丰度、降低促癌蛋白的丰度来抑制细胞增殖,从而实现抗AML肿瘤的治疗效果,提示通过分子靶向性干预m6A修饰影响基因表达可能成为抗肿瘤的研究新方向。Shan等[44]通过检测OS细胞/组织中KLF3的表达水平,发现OS细胞/组织中KLF3的mRNA水平和蛋白水平均升高,且与OS患者肿瘤TNM的分期及预后有关,同时FTO能促进OS细胞的增殖和侵袭,抑制细胞凋亡,FTO介导的KLF3 m6A修饰促进了OS进展,预示KLF3可能为OS提供治疗靶点。Chen等[45]的研究表明,m6A去甲基化酶ALKBH5介导的PVT1上调,可促进体外OS细胞增殖和体内肿瘤生长,可知PVT1可能为OS提供治疗靶点。

3.4 m6A修饰在骨肉瘤预后转归中的作用

目前,关于m6A修饰与OS预后的研究相对较少。不同的m6A修饰调控因子与OS预后的结果有所差别。Li等[46]通过公共基因组数据集和组织微阵列分析发现,METTL3、METTL14、YTHDF2的低表达以及KIAA1429HNRNPA2B1的高表达与不良预后显著相关,且HNRNPA2B1可能是OS的独立危险因素。Zhang等[8]利用从有效治疗方法的治疗应用研究(TRAGET)中下载的数据集,通过生物信息学分析获得与OS密切相关的m6A lncRNA,构建了m6A相关的lncRNA风险评分预后模型(RP11-286E11.1LINC01426AC010127.3DLGAP1-AS2RP4-657D16.3AC002398.11) 为OS预后研究提供了理论依据。Zhang等[47]通过分析骨肉瘤患者的预后信息发现,METTL3、YTHDC1、FTO是与生存率相关的重要标志物,且与骨肉瘤的转移存在显著相关性。Zheng等[48]利用生物信息学获得骨肉瘤的保护因子AC004812.2AC004812.2的低表达预示着总生存率较差,而AC004812.2的过表达可抑制143B细胞增殖,提高IGF2BP1YTHDF1的表达水平,表明AC004812.2可能是m6A修饰的重要调控因子,也是骨肉瘤中很有前景的治疗靶点。

WTAP在骨肉瘤组织中高表达,是骨肉瘤总生存期的独立预后因素。有研究表明沉默的HMBOX1明显减弱了shWTAP介导的对骨肉瘤生长和转移的抑制,且WTAP/HMBOX1通过介导PI3K/AKT通路调控骨肉瘤的生长和转移,证实了WTAP介导的m6A修饰在骨肉瘤进展中的关键作用,这可能为骨肉瘤的治疗提供了新的见解[49]。另一项研究发现,YTHDF1表达水平低的患者预后较差,总生存率较低,提示YTHDF1可能与OS患者的预后不良有关[50]。随着研究的深入,研究人员还发现了有利于OS患者预后的m6A修饰调控因子。FTO是m6A去甲基化酶,可以去除m6A修饰,调节mRNA的稳定性,最终导致各种癌症发病机制的改变[51]。此外,也有研究表明,FTO是一种保护基因,FTO的高表达可以提高骨肉瘤患者的生存率,而IGF2BP2是骨肉瘤的风险基因,IGF2BP2的高表达降低了骨肉瘤患者的生存率,FTOIGF2BP2的异常表达与骨肉瘤的进展显著相关,是能够独立预测骨肉瘤患者预后的关键因素[52]。Liu等[53]通过检测骨肉瘤组织中METTL14的表达量发现,METTL14与骨肉瘤患者的预后呈正相关,METTL14表达下调可能是骨肉瘤发生的一个潜在机制,可作为肿瘤抑制基因。

综上可知,上述m6A修饰调控因子为OS的诊断、治疗及预后转归的评估提供了新的思路,为进一步深入研究m6A修饰调控OS的发生和发展机制提供了研究方向,为OS的辅助治疗提供了新的生物标志物。

4 展望

目前,m6A在OS中的机制研究正处于发展阶段,尽管在m6A生物学领域取得了显著的进展,但仍存在许多未知数和挑战。m6A修饰就像一把“双刃剑”,可以通过不同的方式加速或抑制骨肉瘤的进展[54]。本文总结了m6A修饰在骨肉瘤发生发展、化疗耐药、靶向治疗、预后转归的分子机制方面的研究,以期为人类骨肉瘤的治疗寻找有希望的靶点。虽然m6A的相关调节因子被证实可作为OS的诊断或治疗靶点,但关于m6A的上游调控因子和下游靶点及其致癌或肿瘤抑制机制尚不清楚,仍有待进一步深入研究。因此,未来还需从以下3个方面进行突破:第一,立足OS构建m6A及其相关修饰因子的复杂调控网络模型;第二,增大临床入选样本量和筛选因子,作为早期诊断和预后的靶标因子;第三,在OS动物模型中开展与m6A相关的靶向治疗,为OS靶向治疗提供新的思路。

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