2025/12/16 13:15:39 4true Hypolepis punctata)是探究蕨类植物与昆虫互作机制的理想材料，然而其分子基础研究仍相对薄弱，缺乏高质量的参考基因序列信息。为此，本研究基于 PacBio Sequel 三代测序平台，以姬蕨叶、根和茎的混合样品为材料，开展全长转录组测序与系统的功能注释分析。测序共获得 504 878 条高质量原始序列(polymerase reads)，总数据量为 66.34 Gb；经去冗余处理后，得到 24 167 条转录本，平均长度为 2 983 bp。功能注释结果显示，96.58% 的转录本(23 340 条)在七大公共数据库中获得注释。此外，共预测到32 772 个简单重复序列(Simple Sequence Repeats,SSR)及1 458 个转录因子。鉴于茉莉酸(Jasmonic Acid,JA)在植物防御与昆虫互作中的关键作用，本研究系统鉴定到83 条与JA合成相关的转录本，涵盖13-脂氧合酶(13-Lipoxygenase，13-LOX)、丙二烯氧化物合成酶(Allene Oxide Synthase，AOS)、丙二烯氧化物环化酶(Allene Oxide Cyclase，AOC)、OPDA还原酶3(Oxophytodienoate Reductase 3，OPR3)、OPC-8:0辅酶A连接酶1(OPC-8:0 CoA Ligase 1，OPCL1)、多功能蛋白(Multifunctional Protein，MFP)、酰基辅酶A氧化酶(Acyl-CoA oxidase，ACX)、3-酮酰基辅酶A硫解酶(3-Ketoacyl-CoA Thiolase，3-KAT)和茉莉酸酰胺合成酶(Jasmonoyl Acid Resistant 1，JAR1)等关键酶家族成员。本研究构建了姬蕨首个高质量的全长转录组，为后续该物种的功能基因挖掘及蕨类植物在胁迫响应与环境互作中的分子机制研究打下了坚实基础。]]> 2025/12/16 13:15:39 3true Dryopteris crassirhizoma)的转录组信息并分析其基因表达特征，本研究采用Illumina HiSeq^TM 2000 150PE高通量测序平台,对其叶、叶柄、叶轴、根和根状茎进行转录组测序分析。结果表明：经Trinity拼接并去冗余后，共获得147 690个unigenes，在核酸序列库(Nucleotide sequence database，NT)、非冗余蛋白质数据库(Non-Redundant protein database，NR)、Swiss-Prot 蛋白质序列数据库(Swiss-Prot protein sequence database，Swiss-Prot)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG)、直系同源蛋白质群数据库(Clusters of Orthologous Groups of proteins，COG)和基因本体库(Gene Ontology，GO)中获得注释的unigenes数量分别为91 758、57 578、60 535、56 670、41 446、63 027个。GO分类注释得到3大类56个分支，KEGG代谢通路注释到129条标准通路，其中23条为次生代谢通路。蛋白质编码框序列94 731个，以短序列为主。简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR)分析发现28 079个SSRs，以二核苷酸SSRs最多，占总SSRs数量的70.12%。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)分析检测到叶、叶柄、叶轴、根和根状茎的SNP数量分别为23 139、21 246、28 280、55 409、17 084个。叶柄与根状茎差异基因表达量分析显示上调基因13 829个、下调基因24 250个。GO功能富集分析结果表明，在叶柄和根状茎组织中共富集到226个与苯丙烷类代谢途径相关的差异表达基因。本研究结果可为后续深入探究粗茎鳞毛蕨次生代谢通路、间苯三酚类与黄酮类等物质的生物合成及基因功能提供转录组数据支持。]]> 2025/12/16 13:15:40 2true Selaginella pseudotamarscina叶绿体基因组特征及其系统位置，本研究基于高通量测序数据，从头组装了越南卷柏完整的叶绿体基因组，并对其基因组结构、基因构成及基本信息进行分析；结合其他卷柏科Selaginellaceae物种的叶绿体基因组数据，进行基因组比较分析并构建系统发生树。研究结果表明越南卷柏叶绿体基因组为正向重复(DR)结构，全长125 931 bp，总GC含量为53.3%，RNA编辑位点预测数量高达1 545个，共编码82个基因，包括65个蛋白编码基因、9个转运RNA(tRNA)基因和8个核糖体RNA(rRNA)基因。叶绿体基因组比较分析结果表明，越南卷柏的微卫星(简单重复序列，SSR)数量和类型最少，仅有两个二核苷酸重复序列；其和近缘种之间无结构重排现象，重复区边界变化较大；核苷酸变异主要集中在单拷贝区的基因间隔区，共鉴定出5个高变区域；系统发生树强烈支持越南卷柏与S.imbricata聚为一支，不属于旱生卷柏S.stauntoniana分支。本研究丰富了莲座状复苏卷柏的遗传资源信息，并为理解卷柏科植物叶绿体基因组的进化提供了重要理论参考。]]> 2025/12/16 13:15:40 1true